Неигровые персонажи по-разному воспринимают игрока. Мутанты агрессивны по отношению к вам, воспринимая вас как свою возможную добычу. Военные выполняют свою работу, и выполняют ее хорошо. Если вы находитесь в Зоне – знайте, что вы являетесь их целью. Если вы станете сопротивляться, то сможете увидеть особенности боевого командного ИИ. Но с некоторыми из них можно будет договориться. Как и с бандитами и мародерами, поджидающих легкую добычу в виде одинокого сталкера с полной сумой артефактов.

Противники будут использовать укрытия, убегать от гранат и информировать своих напарников об опасности.

Сталкеры не являются вашими врагами, пока вы не станете таковым для них. Вы можете пройти всю игру, избрав путь одиночки и не вступая ни в один из существующих кланов. А если возникнет желание стать бойцом одной из существующих группировок – кланы всегда примут лояльно настроенного к ним сталкера. Только предварительно проверят силу вашего желания быть на одной частоте с ними.

Избрав агрессивный путь поведения, вы станете изгоем и врагом в сталкерской среде – за вами начнут охотиться по всей Зоне. Но прежде чем стать таковым – взвесьте все, ведь экономика игры строится на торговле предметами, вещами, оружием и информацией. Да и посидеть у огня под нехитрые мелодии, послушать рассказы новичков и ветеранов в этом случае сможете только из засады, не ощущая тепла сталкерского костра.

Это ваш выбор – видеть в сталкерах врагов или принимать их дружескую помощь.

2011 год. Пять лет прошло с момента Второй катастрофы, затмившей события апреля 1986 года.

Зону терзают участившиеся выбросы, смещая аномальные поля и открывая дороги к ранее недоступным местам. Кланы сражаются за новые территории и ключевые позиции. Сталкеры гибнут, но вслед за ними приходят другие.

Действие игры происходит за год до событий, описанных в "S.T.A.L.K.E.R. Тени Чернобыля". За год до самого удачного похода Стрелка к центру Зоны – третьего по счету. Мы узнаем о нем и его группе с новой стороны – взглянув на него глазами другого героя.

Впереди ждут новые территории и неизвестные опасности, пространственные дыры и монстры, прячущиеся в тумане, непроглядная темень ночи и спасительные лучи восходящего солнца.
Обходи аномалии и спасайся от выбросов, изучай Зону и собирай артефакты, лечись от облучения и сражайся за одну из группировок! И тогда тебе откроется правда о том, как Стрелок оказался в грузовике смерти и откуда взялась татуировка S.T.A.L.K.E.R. на его руке.